Muzaffer Şenel este un specialist în studii europene și politică externă comparată, în sens larg, cu accent pe politica externă europeană față de Orientul Mijlociu, politica externă a Turciei, problema Ciprului, precum și politica din regiunea Mării Negre și a Mediteranei. În prezent, ocupă funcția de conferențiar la Catedra de Relații Internaționale a Universității Kültür din Istanbul. Înainte de a se alătura Universității Kültür din Istanbul, a lucrat la mai multe universități. A fost membru fondator al Universității Şehir din Istanbul (2007-2010), unde a ocupat funcția de director al Centrului de Cercetare pentru Studii Turce Moderne (2010-2021). În calitate de cercetător invitat, Şenel a activat în diverse țări, precum Ungaria (Institutul Teleki Lázsló, redenumit IFAT), Polonia (Universitatea Jagielloniană) și Regatul Unit (Universitatea Oxford), precum și Armenia (Universitatea Americană din Armenia).

Şenel a participat și a contribuit activ la diverse evenimente diplomatice și semi-academice. El a făcut parte dintr-o echipă multinațională de diplomație de tip „track II”, alcătuită din diplomați de rang înalt, politicieni, factori de decizie, academicieni și jurnaliști, al cărei obiectiv este soluționarea disensiunilor existente în regiunea MENA, pentru a asigura stabilitatea în vecinătatea imediată a Europei.

A publicat articole academice și de opinie în diverse reviste și publicații periodice. A apărut în numeroase mass-media internaționale, printre care Al-Jazeera, Channel News Asia, Jerusalem Post, Sputnik și TRT World, în calitate de analist politic și comentator. A editat două cărți: împreună cu Sadık Ünay, intitulată „Global Orders and Civilizations: Perspectives from History, Philosophy and International Relations”, Nova Science Publications, New York, 2009; și împreună cu Mesut Özcan, „Modernite ve Dünya Düzen(ler)i/ Modernity and World Order(s)”, Küre Yayınları, Istanbul, 2010.