După absolvirea universității și îndeplinirea serviciului militar obligatoriu, domnul Bozhilov a început să lucreze ca expert la Ministerul Apărării în 1992. A ocupat succesiv diverse funcții în mai multe structuri ale Ministerului Apărării, printre care cea de expert-șef, șef de departament în cadrul Direcției Servicii Administrative și de Informații, șef al Departamentului Organizații Internaționale și Controlul Armamentelor, director pentru cooperare internațională, director adjunct pentru politică de securitate și apărare și șef al cabinetului politic al ministrului apărării. În 2013, domnul Bozhilov a părăsit Ministerul Apărării și a început să lucreze la Academia Bulgară de Științe. Din 2018, se ocupă de cercetare, consultanță și activități didactice.

Yordan Bozhilov este fondatorul și primul președinte al Forumului de Securitate din Sofia, care se specializează în cercetare și organizarea de evenimente în domeniul securității, apărării și relațiilor internaționale.

Yordan Bozhilov deține o diplomă de master în științe politice de la Universitatea de Stat din Moscova (1991) și o diplomă de master în drept de la Universitatea de Economie Națională și Mondială (2000). A urmat cursuri și specializări la Centrul pentru Politica de Securitate din Geneva, la Centrul European pentru Studii de Securitate „George C. Marshall” din Germania și la Colegiul de Apărare al NATO din Roma.

Vorbește engleză, franceză și rusă.